W związku z tym, że wątroba jest jednym z narządów układu pokarmowego narażona jest ona na działanie pasożytów, które dostają się do niej wraz z pożywieniem. Ludzką wątrobę mogą zaatakować dwa rodzaje pasożytów: motylica wątrobowa i tasiemiec bąblowcowy. Pierwszy z nich bytuje w głównie w przewodach żółciowych, a czasem w samej wątrobie. Powoduje on u człowieka fascjolozę. Choroba ta rzadko jednak występuje w Polsce. Na skutek zakażenia wątroba przestaje prawidłowo funkcjonować, pojawiają się problemy z trawieniem. Choroba może prowadzić do ostrego zapalenia wątroby, czy żółtaczki. W początkowych stadiach życia pasożyt bytuje na trawach i w zbiornikach wodnych. Dlatego, aby zapobiec wniknięciu pasożyta do ciała nie należy pić wody, na przykład z jezior, czy stawów oraz unikać brania do ust trawy. Z kolei tasiemiec bąblowcowy żeruje głównie w organizmach psów i dzikich psowatych, jak na przykład lisy, czy wilki. Wydalane pasożyty mogą osiadać na dzikich owocach, trawach, a nawet na sierści. Wywołują bąblowicę. Jest to bardzo niebezpieczna choroba. Zazwyczaj atakowana jest przez nią wątroba, ale czasem również płuca, mózg, czy kości.